Di pertempuran berdarah di Kota Imam Priestella, Subaru dan rekan-rekannya baru saja keluar sebagai pemenang, tapi kemenangan mereka datang dụng berat. Lewat "Otoritas Kebencanaan", Rem harus berada dalam keadaan istirahat, sementara memori Crusch dan bahkan nama Julius dimakan. Ketika mencari cara untuk menyelamatkan mereka, Subaru menemukan "Sage" Shaula, makhluk yang dikatakan memiliki segala jenis pengetahuan. Kemudian, Subaru menuju Menara Pengawas Pleiades, tempat tinggal Sage, menara terjauh yang berdiri di padang pasir yang tidak terukir, Auguria Dunes, tempat yang begitu berbahaya bahkan "Sword Saint" Reinhard gagal menaklukkannya. Kekerasan alam, hewan magis yang tidak diketahui, dan bahaya yang tidak terbayangkan akan menanti mereka. Bersama rekan-rekannya, Subaru memulai perjalanan yang mengancam nyawa untuk merebut kembali apa yang hilang.
