Ninja Kamui – Joe Higan adalah seorang Nukenin – mantan ninja yang melarikan diri dari klannya dan bersembunyi dari masa lalunya yang penuh kekerasan di pedesaan Amerika bersama keluarganya. Suatu malam, dia disergap oleh tim pembunuh dari organisasi sebelumnya yang melakukan pembalasan berdarah pada Joe dan keluarganya karena mengkhianati kode kuno mereka. Bangkit dari “kematiannya”, Joe akan muncul kembali sebagai dirinya yang dulu – Ninja Kamui – untuk membalaskan dendam keluarga dan teman-temannya. Kamui adalah seorang ninja abad ke-21, seorang anakronisme bayangan yang mengadu keterampilan kunonya dengan persenjataan berteknologi tinggi dengan kemahiran brutal. Dia harus menghadapi pembunuh terlatih, melawan cyborg, dan ninja saingan untuk menjatuhkan klan yang membentuknya.
