Okajima Rokuro ia adalah karyawan seperti biasanya, hari-hari normal yang ia lakukan tetap berjalan dengan semestinya, namun suatu hari ia mendapat perintah dari bos besarnya untuk mengantar barang yang penting ke suatu tempat menggunakan kapal.

Sayangnya saat diperjalanan mereka dibajak oleh kelompok bernama Black Lagoon yang mengincar barang yang dibawa oleh Rokuro. Mereka pun berhasil merebut barang tersebut dan Rokuro sekarang telah menjadi sandera. Kemudian salah satu kru Lagoon saat itu berniat menukarkan Rokuro yang sedang menjadi sandera dengan uang.

Naas, bosnya sendiri tak memperdulikannya dan kemudian menelantarkannya. Bahkan Bosnya kemudian menyewa pembunuh bayaran untuk membunuh semua kru lagoon beserta dengan Okajima.

Demi keselamatannya Okajima memutuskan untuk bergabung dengan Black Lagoon dan namanya kini berubah menjadi “Rock” yang diambil berdasarkan nama aslinya.

Dimulailah kehidupan Rock yang di dunia hitam yang baru dan sangat gila.